پیش‌بینی محاسباتی ژن های پاسخ دهنده به سرما در کلزا از طریق مقایسه ژنومی با گیاه مدل Arabidopsis thaliana
Authors
Abstract:
سرما تنش مهمی است که تولید و پراکندگی جغرافیایی بسیاری از گیاهان زراعی از جمله کلزا به عنوان یک گیاه روغنی مهم را محدود می‌کند. در این مقاله عناصر سیس شناخته شده که تنظیم‌کننده پاسخ مولکولی گیاه به تنش سرما هستند، برای شناسایی ژن‌های دخیل در تحمل سرما استفاده شدند. از تعداد 62384 یونیژن از پایگاه داده Brassica Genome Gateway، تعداد 56 عدد ژن مسئول سرما شناسایی شدند. برای اعتبارسنجی ژن‌های شناسایی شده آنالیز پروموتر، هستی‌شناسی، هم‌بیانی، برهمکنش پروتئین-پروتئین و آنالیز بیان ژن به صورت پیش‌بینی محاسباتی انجام شد. نتایج حاکی از حضور عناصر سیس معمول پاسخ به سرما در ناحیه پروموتر تمامی ژن‌های شناسایی شده بود که در مسیرهای مختلف زیستی مانند چرخه کالوین، تنفس سلولی و مسیرهای انتقال پیام در بخش‌های مختلف سلول قرار داشتند. بررسی هم‌بیانی ژن‌های شناسایی‌شده، اثر متقابل ژن‌ها را با همبستگی بالای 64/0 نشان داد. بررسی پروموتر، شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین و بررسی فاکتورهای رونویسی دخیل در تنظیم رونویسی56 عدد ژن شناسایی شده و 98 عدد ژن هم‌بیان آنها حاکی از سازوکار مولکولی و مسیرهای مشابه و مشترک پاسخ به تنش سرما در گیاه است و ژن‌های کاندید جهت بهره‌برداری در برنامه‌های اصلاحی و مهندسی ژنتیک کلزا را معرفی می‌کند.
similar resources
کلن کردن ژنRGL2 از DNA ژنومی آرابیدوپسیس (Arabidopsis thaliana)
یکی از ژنهایی که در سنتز جیبرلین در گیاه شناخته شده و موقعیت آنها در ژنوم آرابیدپسیس مشخص شده است، RGL2 میباشد که در این بررسی کلن گردید. با استخراج DNA از آرابیدوپسیس، اکوتیپ کلمبیا و استفاده از آغازگرهای اختصاصی که بر اساس توالی ژن مورد نظر ساخته شده بودند، این ژن تکثیر شد. پلاسمید PET-32a (+)و ژن تکثیر شده با استفاده از دو آنزیم برشی خاص به نامهای Nco I و Sal I برش داده شدند. پس از اتصال ژ...
full textساخت و تکثیر cDNA از mRNA ژن رمز گردان آنزیم P5CS گیاه Arabidopsis thaliana
گیاهان وقتی در معرض خشکی و شوری قرار می گیرند با تنش اسمزی مواجه می شوند که برای مقابله با تنش اسمزی ایجاد شده تجمع اسمولیتهایی همچون پرولین ، گلیسین بتانین و یا سایر ترکیبات مشابه را افزایش می دهند.در مسیر بیوسنتز این اسمولیتها آنزیمهایی دخالت دارند که بعضی از آنها کلیدی به حساب می‌آیند و با تغییر در تظاهر ژنهایی که این آنزیمها را کد می کنند می توان فراوردة نهایی که اسمولیت مورد نظر میباشد ...
full textنقش microrna۳۹۹ و سوکروز در پاسخ های فیزیولوژیک گیاه آرابیدوپسیس (arabidopsis thaliana) نسبت به کمبود فسفر
میکروrnaها مولکول هایی با زنجیره کوتاه و غیرقابل ترجمه است که بیان ژن های مختلف را در سطح پس از رونویسی تنظیم می کنند. تعداد زیادی از میکروrnaها در پاسخ به تنش های مختلف محیطی نقش دارند. برای نمونه، mir399 در پاسخ گیاه به کمبود فسفات اهمیت دارد. پژوهش حاضر با هدف درک نقش متقابل mir399 و سوکروز در پاسخ گیاه آرابیدوپسیس (arabidopsis thaliana) به کمبود فسفات انجام گرفت. برای این منظور، از گیاه ترا...
full textمکانیسم مولکولی مقاومت گیاه آرابیدوپسیس تالیانا (arabidopsis thaliana l.)به تنش اکسیداتیو ناشی از سرما
به منظور فهم برخی مکانیسم های فیزیولوژیکی و مولکولی حساسیت به تنش chilling و سرما در گیاهان تاثیرات تنش chilling و سرما را روی برخی پارامترهای فیزیولوژیکی و مولکولی گیاه آرابیدوپسیس تالیانا بررسی کردیم. گیاهان چهار هفته ای (گیاه وحشی و 4 جهش یافته حساس به chilling شامل chs2-2، chs2-1، chs1-2 و chs1-1) به مدت یک هفته در معرض 2 تیمار دمایی متفاوت (13 درجه سانتیگراد و 4 درجه سانتیگراد) و دمای کنتر...
15 صفحه اولMy Resources
Journal title
volume 8 issue 24
pages 29- 46
publication date 2018-12-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023